В центре сюжета — повествование о Джоне Блэкторне, английском шкипере, единственном выжившем после кораблекрушения экипажа, потерпевшего крушение у берегов Японии. Оказавшись на неизведанной земле, мужчина сталкивается с миром, который ему совершенно непонятен. Для выживания он должен быстро научиться понимать и уважать сложные и строгие обычаи японцев.
Япония начала XVII века — это страна, где столкнулись восточные традиции и западное влияние, она на пороге гражданской войны, политических завоеваний и социальной турбулентности. Ею правит могущественный сёгун, и вокруг него плетутся многочисленные интриги и заговоры.
Блэкторна берёт под своё покровительство влияющий даймё (феодальный правитель) Торанага. Он — умный стратег и амбициозный лидер, стремящийся занять место сёгуна. Осознавая потенциал англичанина в успехе своих планов, Торанага использует знания и опыт героя для консолидации своей власти и укрепления своих позиций в борьбе за титул сёгуна.
Постепенно, перевоплощаясь из моряка в самурая, наш герой всё глубже погружается в японскую культуру и общество. Он заводит дружбу с ключевыми фигурами этого мира — храбрыми воинами, мудрыми монахами, преданными слугами и страстными женщинами. Среди них выделяется Марико, красивая и умная, приверженная традициям девушка, обладающая тайнами, которые могут изменить ход истории. Между ней и нашим телегероем вспыхивает запрещённая любовь, раздирающая сердца и ставящая под угрозу их жизнь.